Am 17. September 1550 wurde dieses Rathaus im Interimskrieg zerstört und 1556 wieder aufgebaut.

1376 wurden Wanzleben die Rechte einer Stadt verliehen, unter denen auch die Errichtung und Erhaltung öffentlicher Gebäude enthalten sind. So wurde am 13. Juli 1446 (Margereten-Tag) die Fertigstellung des Rathauses vollzogen, was aus einer Tafel am Rathaus ersichtlich ist.